So wie keine Urkunde die Gründung unserer Stadt bezeugt, fehlt uns auch ein Dokument über den Bau einer ersten Kirche in Wil. Schon in alemannischer Zeit ist Wil ohne Zweifel ein offenes Dorf unten in der Ebene gewesen. Der Historiker Walter ab Hohlenstein hat angenommen, dass in diesem Dorf bereits zur Zeit der Karolinger (8./9.Jht) eine Kirche bestand, die gemäss der Vorliebe der Karolinger dem Apostelfürsten Petrus geweiht war.

Leider konnten noch nie umfassende archäologische Untersuchungen vorgenommen werden, um der ersten kleinen Kirche zu St.Peter vollends auf die Spur zu kommen. Mit ihren neuesten Teiluntersuchungen (1995) kann aber die Kantonsarchäologin, Dr. Irmgard Grüninger, ein kleines Gotteshaus belegen; dessen Bau um das Jahr 1000 erfolgt sein muss.

Damit ist eine Kirche zu St.Peter bezeugt, vor der Stadtgründung um das Jahr 1200, vor der Gründung unserer Eidgenossenschaft. Diese Bedeutung von St.Peter als Mutterkirche von Wil muss in früheren Jahrhunderten bewusster gewesen sein: 1505 wurde eine wöchentliche Freitags-Prozession von St.Nikolaus nach St.Peter eingeführt, die 1840 wieder aufgegeben wurde.

Das dreischiffige Langhaus wurde 1960 modern umgestaltet. Die heutige Ausstattung ist anlässlich der Renovierung 1995/96 geschaffen worden.