Das älteste Gotteshaus lässt sich hier schon zur Zeit der Stadtgründung um 1200 oder wenig später archäologisch nachweisen. Um 1304 entstand mit dem Wiederaufbau der Stadt nach der Brandkatastrophe von 1292 eine romanische Saalkirche. 1429 begann mit der Errichtung des Chors ein spätgotischer Neubau. Die Arbeiten am Schiff wurden erst 1478 unter Fürstabt Ulrich Rösch aufgenommen und um 1500 vollendet. Der Chor wurde laut Inschrift am hinteren Schlussstein (Lamm Gottes mit Triumphfahne) und Datierung am Chorbogen (Altarseite) erst 1501 eingewölbt. Die Kirche behielt bis heute die Bauformen der Spätgotik als Rundpfeilerbasilika mit hochstrebendem, dreiseitig geschlossenem Chor, flachgedecktem Mittelschiff und gewölbten Seitenschiffen. Diverse Umbauten und Renovationen haben ihr inneres und äusseres Aussehen teilweise radikal verändert. Zu den prächtigsten Zeugen aus älterer Zeit gehört das Christophorus-Wandbild, das Hans Haggenberg zugeschrieben wird. Im Seitenschiff sind die Gebeine des dritten Stadtheiligen, St. Pankratius, zu sehen.

Unter Ulrich Rösch (1463-1491) wurde St. Nikolaus mit Pfarrrechten ausgestattet und gewann somit an Bedeutung gegenüber der bisherigen Pfarrkirche St. Peter. Diese wird schon 1209 indirekt erwähnt, indem eine Urkunde einen Leutpriester Albertus zu Wil als Zeugen nennt. 1300 wird sie als "ecclesia extra muros" überliefert und lokalisiert.

(Ruckstuhl, Benno; Die Altstadt von Wil, Wil 1998)